对于努尔哈赤同意组建汉军旗，并让李永芳以梅勒额真（梅勒章京）的身份实质性负责汉军旗的日常管理，建州女真内部其实是有很大反对意见的，就算是一直坚决支持努尔哈赤的额亦都、费英东、何和礼等人都不赞同这个时候就开始设立汉军旗。
在他们看来，女真八旗初立刚一年一时间，除了两黄旗实力还算强大外，其他六旗都还属于差强人意的状态下，急需各方人力来补充。
以往掳掠来的汉民都是直接补充到女真八旗中，这样有足够的汉民来耕种土地，放牧牛马，可以腾出大量女真精壮来专门从事军事训练，进一步提升女真八旗的军事武力，同时汉人耕作土地也比女真人更娴熟擅长，收成更好，这样相得益彰，可以使女真八旗实力得到迅速扩充。
但现在大汗却突然提出组建汉军旗，打破了这个平衡。
虽然名义上是大汗亲领汉军旗，汉军旗的规模也远不及女真八旗中任何一旗，但这却是一个危险的开始，这意味着汉人逐渐在建州女真这个群体站稳了脚跟。
以往汉人虽然在建州女真内部人数也在不断增长，但是他们都是附属于女真八旗各部的，并无单独独立的地位，而且也不允许他们参与军事力量中，完全是当作农夫牧民工匠来使用，但是这一次汉军旗的设立，却直接将李永芳带来的一部分原来的大周军直接转化为了汉军旗的武装力量，这是一个非常巨大的突破。
虽然汉军旗这些军士名义上还是和女真八旗一样，出则为军，入则为民, 但实际上从打垮了乌拉部并开始大量收罗吸附野人女真来投之后, 建州女真的这种八旗机制已经在逐渐改变，军民分开的模式逐渐确立。
女真各部士兵的训练程度和时间都在不断增长, 尤其是其中真正的精锐士卒已经不再从事农耕放牧了，转而由那些不擅长军事的部民承担。。
汉军旗一样从一开始就效仿了这种模式，一支纯粹的汉军也组建了起来，虽然规模还很小, 只有千人不到。
几乎所有人都反对努尔哈赤的这个决定, 但是努尔哈赤却力排众议，坚决设立了汉军旗。
对于努尔哈赤来说，他很清楚设立汉军旗的利和弊，也很清楚众人的担心并非无因, 甚至可以说威胁不小, 但是权衡利弊之后，他还是坚持了自己的意见。
除了需要给李永芳这个第一个真正降顺建州女真的汉人将领一个交代外，千金买马骨的效应努尔哈赤希望能够充分发挥出来。
他要让那些在辽东首
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